死者の魂を天に還し死の安らぎを与える「葬儀師」。不死と人間のハーフである葬儀師見習いの少年レオンは、葬儀師になるための最終試験に進む。レオンは都を目指す列車の中で何者かに追われる少女エレナと出会う。彼女を追っていたのは何故か同胞であるはずの葬儀師たちだった。エレナを助けたことからレオンも追われる身となり、物語は大きく動き出す──