「アルマギア」は歌を魔力に変える特殊な能力を持つ少女アカネと、その魔力を戦闘力に変えられる少女ネオンが、悪逆の限りを尽くす帝国を相手に戦いを挑む物語。オリジアース帝国の支配下の町・アトラに住む少女・ネオンは、幼い頃に両親を帝国に連れ去られ、身寄りをなくしたところを配送業を営む男・アインに保護された。以来ネオンは、彼の仕事を手伝いながら過ごしていたが、ある日アトラで“レジスタンス・アルマギア”と帝国との戦闘が勃発する。混乱の中で、アカネと呼ばれる“ディーヴァ”の少女と出会ったネオンは、彼女の歌声により謎の力を目覚めさせ……。